O primeiro item só precisa ser feito uma vez, mas o ideal é que o 3º passe a fazer parte da sua rotina!

Até um Mac bem configurado e com a manutenção em dia pode ficar lento de vez em quando.

Quando isso acontece comigo, e mesmo antes de instalar qualquer ferramenta ou abrir o Terminal, eu sigo uma sequência de 4 itens rápidos, todos executados com recursos do próprio OS X, para resolver as causas mais comuns e voltar rapidamente ao que estava fazendo.

O checklist é o seguinte:

1. Reduzir transparência: Existem muitas alterações de configuração que interferem no desempenho, mas se o seu Mac tem mais do que 2 ou 3 anos de idade, um ponto é especial: os efeitos visuais de transparência das versões recentes do OS X. Desativar é simples: nas Preferências, clique no ícone Acessibilidade, e marque a opção "Reduzir transparência".
2. Fechar aplicativos excessivos: pressione ⌘+Tab e você verá os ícones de todos os apps que estão em execução. O OS X é bem competente para fazer com que aqueles que estão em segundo plano não ocupem muitos recursos, mas mesmo assim a soma deles acaba interferindo. Para fechar alguns deles rapidamente, continue pressionando ⌘+Tab até o ícone dele ser selecionado, aí pressione q. Repita até fechar todos que não forem fazer falta no momento. Uma olhada em Preferências do Sistema | Usuários e Grupos | Itens de Início pode permitir remover apps que estão carregando desnecessariamente a cada vez que você faz login.
3. Limpar espaço no disco principal: quanto mais cheio o HD ou SSD principal do Mac, maior a chance de haver perda de desempenho. Em outras palavras: ter bastante espaço livre tende a aumentar o desempenho do Mac. Se você estiver abaixo dos 20% de espaço livre, esvaziar a lixeira, limpar caches e logs, mover para outro dispositivo os arquivos excessivos e desinstalar o que você não usa mais pode ajudar bastante.
4. Identificar os gastadores: se os 3 itens acima não bastarem, ainda resta uma ferramenta de diagnóstico para os usuários mais avançados: o utilitário Monitor de Atividade (pressione ⌘+Espaço e digite Monitor de Atividade) permite listar facilmente os processos em execução, na ordem em que estão ocupando os recursos (como a CPU, a memória ou a rede). Não saia fechando arbitrariamente: se algo parecer estranho, pesquise a respeito, pois pode ser alguma tarefa importante, como a indexação para o backup online ou algo assim. Se não for, descubra como desativar, ou como reconfigurar para rodar em um momento mais conveniente.

Se os itens acima não bastarem, e a premissa inicial (o Mac estar bem configurado e mantido) for verdadeira, é possível que você esteja mesmo tentando rodar uma operação acima da capacidade de desempenho do seu computador.

Neste caso, além de procurar técnicas mais avançadas de otimização (e se o Mac em questão não for um Air), ainda podem restar 2 opções mais radicais, embora custosas e não imediatas: ampliar a RAM¹ e trocar o HD principal por um SSD (se ainda não for).